黄金太阳2故事发生在金星灯塔被点燃后，地元素使加西亚、火元素使加斯敏、风元素使西芭、学者斯库雷塔，与艾利克斯被海啸带到远方的大陆。 原来加西亚在一代协助点灯台的原因，是为了拯救三年前的事件中获救却被俘虏的父母。

封印篇的最后，罗宾一行与萨丢罗斯和梅娜蒂激战之时，杰斯敏和斯库莱塔先行离开金星灯台，与阿莱克斯
会合，在约定的出海口等待其他人。随后金星灯台能量开放引起的剧烈地震使出海口变成小岛，在大洋中漂流。几天后他们发现昏迷的加西亚和西芭被冲上岸边。随着小岛最终与印多拉大陆碰撞接壤，新的大陆，新的冒险正式开始[2]
预定乘坐的大船与阿莱克斯一起失踪，首要任务是找到可出海的船只。但金星灯台引发的数次海啸使目标难以实现。辗转于印多拉、奥塞尼亚、刚多瓦纳三大陆的加西亚一行偶然遇到拥有大船的水之元素使皮卡多，并在
齿轮迷宫帮其夺回启动大船的黑玉。皮卡多加入队伍，大家开始对大东海探索。
通过收集、制作三叉戟，打败海神波塞冬，加西亚一行来到皮卡多的故乡——时间静止之地莱姆利亚。与莱姆利亚王海德罗的交谈印证了斯库莱塔和加西亚的假想：世界因元素之力的封印在衰退，已濒临死亡，只有点燃全部灯台，解放元素之力和炼金术才能使世界复兴。掌握大权的议会反对点燃灯台，海德罗只能将重任交给加西亚一行，并授予前往大西海的精神力道具。

准备万全的加西亚一行目标直指阿泰卡大陆的木星灯台。在灯台上他们先后遇到普罗库斯部族的阿迦迪奥、卡斯特，阿莱克斯以及——一直在追击他们的罗宾一行。罗宾等人中了阿迦迪奥、卡斯特的圈套而战败，阿莱克斯担心米亚莉的安全，暗地帮助加西亚与阿、卡二人战斗。最终加西亚一行战胜了消耗严重的二人，点燃木星灯台。但火元素之星被二人骗走。
木星灯台旁的基亚纳，八位元素使齐聚一堂。在澄清事实，消除误解之后，大家为最后的目标——火星灯台而并进。经过普罗库斯来到北极的火星灯台，攀登途中遇到被贤者之石变成火龙的阿、卡二人，战斗不可避…战斗后，二人意识到自身无法点燃灯台，将火元素之星交给加西亚。
来到火星灯台顶部，等待主角们的是维亚德的守护神——贤者之石。为检验主角们在炼金术复活后能否正确使用它，贤者之石发动最终试炼，召唤出三头龙。胜利后，众人发现三头龙的正体是三年前失踪的罗宾父亲和加西亚、杰斯敏的父母…火星灯台点燃后，巨大能量使三人复活，大家重返故乡，与久违的亲人见面[2]